W izbie funkcjonują:

·         wydział kontroli gospodarki finansowej,

·         wydział informacji, analiz i szkoleń,

·         biuro izby, zapewniające obsługę administracyjną.

Do zadań wydziału kontroli gospodarki finansowej należy w szczególności:

1)  przeprowadzanie kontroli w podmiotach, o których mowa w art. 1 ust. 2 ustawy z dnia 7 października 1992 r. o regionalnych izbach obrachunkowych, zwanych dalej "jednostkami kontrolowanymi";

2)  opracowywanie projektu planu kontroli;

3)  opracowywanie sprawozdania z działalności kontrolnej wydziału.

 Wydział kontroli gospodarki finansowej przeprowadza następujące rodzaje kontroli:

1)  kompleksowe, obejmujące gospodarkę finansową jednostki samorządu terytorialnego;

2)  problemowe, obejmujące wybrane zagadnienia w jednej lub kilku jednostkach kontrolowanych;

3)  doraźne, podejmowane w razie potrzeby.

Wydział kontroli zabezpiecza i udostępnia kolegium izby dokumenty związane z przeprowadzonymi kontrolami, a także współpracuje przy przygotowaniu raportu, o którym mowa w art. 10a ust. 1 ustawy z dnia 7 października 1992 r. o regionalnych izbach obrachunkowych, zwanej dalej "ustawą".

 Działalność kontrolna powinna być połączona z instruktażem w zakresie prawidłowej interpretacji przepisów prawnych i ich stosowania w praktyce.

Tryb postępowania kontrolnego określony został w rozporządzeniu Prezesa Rady Ministrów w sprawie siedzib i zasięgu terytorialnego regionalnych izb obrachunkowych oraz szczegółowej organizacji izb i trybu postępowania.

Do zadań wydziału informacji, analiz i szkoleń należy w szczególności:

1)  przygotowywanie ramowego planu pracy izb;

2)  opracowywanie sprawozdań z wykonania rocznego ramowego planu pracy izby;

3)  przygotowywanie projektów uchwał, o których mowa w art. 18 ust. 1 pkt 6 ustawy;

4)  przygotowywanie informacji, sprawozdań i opinii, o których mowa w art. 10, art. 17 ust. 1 pkt 3 i art. 21 ust. 2 ustawy;

5)  organizowanie i prowadzenie szkoleń w zakresie przepisów regulujących gospodarkę finansową jednostek kontrolowanych;

6)  doradztwo w zakresie praktycznego stosowania przepisów w bieżącej gospodarce finansowej;

7)  przekazywanie informacji wynikających z realizowania przez izbę obowiązków ustawowych;

8)  współpraca przy przygotowywaniu raportów, o których mowa w art. 10a ust. 1 ustawy;

9)  opracowywanie sprawozdania z działalności informacyjno-szkoleniowej wydziału.

Ponadto w strukturze izby działają zespoły zamiejscowe, które realizują zadania kontrolne, szkoleniowe i doradcze izby pod kierownictwem członka kolegium wyznaczonego przez prezesa izby. Siedziby zespołów zamiejscowych określił Premier. Są nimi byłe miasta wojewódzkie oraz miasto Sandomierz.